O Museu das Cinzas encontra-se instalado numa sala, projetada pelo Eng.º Eça Guimarães, anexa à Igreja do antigo Convento de N.ª Sr.ª da Encarnação, hoje mais conhecida como Igreja de S. Francisco. O Convento foi mandado erigir em 1522, por D.ª Isabel Mendanha, que, depois de pronto, o entregou a 12 religiosos, número posteriormente aumentado para 20.
A extinção do Convento, em 1834, originou a dispersão de todos os seus bens. A base da coleção do Museu são as 16 imagens da Procissão das Cinzas.
O acervo é ainda constituído por livros de registo, alfaias litúrgicas, bordados a matiz, saiais de andor bordados a ouro, utensílios da Procissão, pratarias, bem como imagens sacras desde o século XIII até ao século XVIII.
A exposição organiza-se a partir de uma peça central – A ESTIGMATIZAÇÃO DE S. FRANCISCO – em volta da qual se encontram todas as outras imagens que incorporam o préstimo religioso. Na galeria superior, encontram-se as alfaias litúrgicas, bem como toda a documentação.
